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Stando a un'esauriente risposta pubblicata su askubuntu.com esistono quattro modi per inibire l'aggiornamento di uno o più pacchetti.

1. dpkg: echo "package hold" | sudo dpkg --set-selections
2. apt: sudo apt-mark hold package_name
3. aptitude: sudo aptitude hold package_name
4. dselect: selezionare il package e premere = o H

Fonte: http://askubuntu.com/a/18656
Alla pagina sopra indicata si trovano ulteriori dettagli, oltre alle istruzioni per sbloccare i pacchetti.

Personalmente utilizzo il secondo della lista, ma è una questione di preferenze personali.

Per esempio, per inibire l'aggiornamento dei pacchetti compilati con questo script https://github.com/paul-nelson-baker/git-openssl-shellscript utilizzo il comando: sudo apt-mark hold git git-core git-man